Résumé complet
Un an après avoir quitté son amie Maetel (Marina dans la VF de la sa série télévisée), Tetsurô (Teddy) revient sur Terre. Malheureusement pour lui, il est fait prisonnier dans la cité de Megalopolis et enchainé comme un animal. Après avoir essayé d'échapper à son triste sort, il est condamné à mort. Mais c'est sans compter sur Maetel qui vient le sauver en débarquant dans la prison à bord du train de l'espace, le fameux Galaxy Express 999 ! Le gouverneur de la Terre, Bolkazanda III, n'a rien pu faire pour empêcher cette escapade rocambolesque et est puni de mort par une femme masquée inconnue.
A bord du train, Tetsurô est très ému de retrouver Maetel. Cette dernière laisse également couler une larme de joie, discrètement. Tetsurô est tout aussi heureux de revoir le contrôleur du train, qui a toujours été comme un père de substitution pour lui (son vrai père étant mort lorsqu'il était tout petit). Autre bonne surprise, son chat, Mi, s'est infiltré à bord du train ! En revanche, il est moins content de se voir "toiletter" comme un chien, son apparence étant en effet assez crasseuse ! Le corps nettoyé et les cheveux raccourcis, Tetsurô retrouve l'apparence qu'on lui connaît. Maetel lui rend même le chapeau de paille et le pistolet qui lui avaient été confisqués en prison. Tetsurô raconte ensuite pourquoi il est revenu sur Terre : il voulait reprendre le corps de sa défunte mère qui avait été emprisonné dans la glace. Malheureusement il a été capturé et n'a pas réussi à mener à bien cette tâche. Maetel lui dit de ne pas culpabiliser, il ne pouvait pas savoir que la Terre serait dirigé par un nouveau dictateur, Bolkazanda III, qui n'est rien d'autre qu'un pion dirigé par des forces voulant plonger la planète et le reste de l'univers dans les ténèbres : les Métanoïdes.
Les surprises s'enchaînent pour Tetsurô : Claire, la serveuse du train qui était morte afin de sauver le jeune garçon, est ressuscitée et travaille à nouveau à bord du 999. Maetel sait qui est à l'origine de ce miracle mais tait pour l'instant l'identité de cette personne. Elle indique à Tetsurô qu'il saura de qui il s'agit lorsque le 999 aura atteint sa destination finale. Plus tard, le contrôleur emmène Tetsurô dans la locomotive et lui présente Kanon, l'esprit électronique (féminin) personnifié du 999, qui remet à Tetsurô un billet pour voyager à bord du train.
Peu après, le 999 est attaqué à distance par une force inconnue, obligeant le train à faire un arrêt imprévu dans la gare des Lucioles Brillantes. Cette halte plait beaucoup à Tetsurô car elle lui rappelle la Terre verdoyante d'autrefois, celle dont lui parlait sa mère. L'hôtel où il loge avec Maetel possède même des sources chaudes, un plaisir oublié depuis longtemps sur la planète bleue. A l'hôtel, Tetsurô fait la connaissance d'Iselle, la fille du propriétaire. C'est une jeune fille très gentille mais qui fait livrer Tetsurô et Maetel aux autorités ayant fait passer un avis de recherche les concernant. Le jeune garçon est d'ailleurs attaqué par la femme inconnue qui a abattu Bolkazanda III. Cette guerrière, qui ressemble beaucoup à Maetel physiquement parlant, met vite Tetsurô en difficulté mais Iselle s’interpose, refusant qu'il soit exécuté. La guerrière s'en va, arguant qu'elle ne peut pas tuer Tetsurô car il a eu l'occasion de lui tirer dans le dos et ne l'a pas fait. De retour à l'hôtel, il apprend par Maetel qu'elle s'appelle Hellmotheria et qu'elle est connue comme étant une redoutable combattante. Puis, Maetel dit à Tetsurô qu'ils doivent partir immédiatement pour ne pas causer de problèmes à Iselle et à son père. Hélas, à peine ont-ils quitté la gare des Lucioles Brillantes que le lieu est totalement détruit par le vaisseau de Hellmotheria ! Les éclats de la petite planète atteignent le 999 qui est gravement endommagé...
C'est alors que l'Arcadia, le vaisseau du célèbre capitaine Harlock (Albator), fait son apparition et protège le 999 des attaques de Hellmotheria. Il ne peut en revanche pas empêcher l'introduction dans le train de robots tueurs. Tetsurô parvient à les neutraliser mais ceux-ci ont encore fait subir de terribles dommages au train. Comme si ça ne suffisait pas, Hellmotheria apparait et combat le jeune garçon. Celui-ci se défend mieux que la première fois et parvient à blesser mortellement la guerrière. Celle-ci avoue dans son dernier souffle qu'elle a un fils du même âge que Tetsurô.
Le Galaxy Express 999 n'est pas sorti d'affaire et le contrôleur annonce une autre mauvaise nouvelle : le Soleil est sur le point d'exploser ! Sa disparition, programmée par les Métanoïdes, entraînera la fin de l'univers. Tetsurô refuse de voir le système solaire réduit à néant mais est rassuré lorsque le capitaine Harlock lui annonce qu'il est certain que cela n'arrivera pas. Selon lui, tant que Tetsurô vivra, la Terre continuera d'exister. Claire amène ensuite un bentô contenant un message d'espoir. Maetel elle aussi croit en Tetsurô, c'est pour cela qu'elle est allée chercher le jeune garçon sur Terre. Rasséréné et confiant en l'avenir grâce à ces encouragements, Tetsurô décide d'aller jusqu'à la destination finale du Galaxy Express 999, afin de découvrir qui a ressuscité Claire et comment sauver le système solaire...
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